LysoQuant
Cosa è LysoQuant?
LysoQuant è un software per la segmentazione e la classificazione di immagini a fluorescenza che catturano il processo di endocitosi (processo di degradazione e digestione di macromolecole endogene e molecole estranee).
LysoQuant fornisce informazioni su una serie di parametri quantitativi come il numero, la dimensione, la forma, la posizione e l’occupazione degli endolisosomi all’interno della cellula. Il software è rapido, imparziale e ha una precisione umana.
Perché è importante studiare i lisosomi?
I lisosomi sono stati a lungo considerati organelli statici, che assicurano la degradazione e il riciclo dei rifiuti cellulari. Tuttavia, essi sono tutt’altro che statici e la loro attività, la distribuzione intracellulare, il numero e la capacità di accogliere i rifiuti sono regolati dalle diverse necessità cellulari (Baabio & Bonifacino, 2019; Bright, Davis, et al., 2016; Huotari & Helenius, 2011).
I lisosomi eliminano gli organelli cellulari e le proteine danneggiate; giocano così un ruolo fondamentale per l’omeostasi dei tessuti e degli organi. Diverse malattie sono state direttamente e indirettamente associate alla loro disfunzione: dai rari disordini da accumulo lisosomiale (Marques & Saftig, 2019) alle più frequenti patologie tumorali, metaboliche e neurodegenerative (Fraldi, Klein, et al., 2016; Gilleron, Gerdes, et al., 2019; Kimmelman & White, 2017).
Il monitoraggio della biogenesi, della plasticità, della mobilità e del turnover dei lisosomi, così come la quantificazione dei rifiuti cellulari all’interno degli stessi, è fondamentale per caratterizzare il ciclo vitale dei lisosomi e monitorare le conseguenze di modifiche genetiche o ambientali.
Referenze
Quando questo strumento viene utilizzato, si prega di citare quanto segue:
Deep learning approach for quantification of organelles and misfolded polypeptides delivery within degradative compartments.
Diego Morone, Alessandro Marazza, Timothy J. Bergmann, and Maurizio Molinari
Molecular Biology of the Cell 2020 31:14, 1512-1524
Si prega di fare riferimento a questa pagina Github per le istruzioni di installazione e utilizzo di LysoQuant.
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